El Servei de Digestiu disposa d’una Unitat de Malaltia Inflamatòria Intestinal i una Unitat de Consell Genètic per a càncer de còlon (coordinada amb l'ICO) que són úniques i de referència a la Regió Sanitària Girona. També compta amb una Unitat d'Hepatitis. 

Entre les tècniques funcionals més complexes que assumeix, cal destacar:

• Manometria esofàgica i anorectal i phmetria.
• Endoscòpies:
  • Coangiopancreatografia retrògrada
  • ECO endoscòpia digestiva
  • POEM (tractament endoscòpic de l'acalàssia)
  • Mucosectomia endoscòpica
  • Tractament endoscòpic diverticle de Zencker
  • Càpsula endoscòpica
  • Cromoendoscòpia

En el marc de l’aliança estratègica amb l’IAS, els dos serveis actuen coordinadament. En aquest context, el cribratge de càncer de còlon de la població de referència d’ambdós centres es fa a l’IAS. El Servei de Digestiu també presta atenció als pacients de l’Hospital d’Olot gràcies a l’aliança estratègica que el Trueta té amb aquest centre.